مرکز تحقیقات قلب و عروق اصفهان در بین مراکز تحقیقاتی بالینی دارای ردیف بودجه مستقل در سال 1400 موفق به کسب رتبه سوم گردید.
رتبه بندی مراکز تحقیقاتی وزارت بهداشت هر ساله توسط این وزارتخانه انجام شده و مراکز تحقیقاتی بر اساس شاخص های مختلف در چند گروه مورد ارزیابی قرار می گیرند. گروه مراکز تحقیقاتی بالینی دارای ردیف بودجه مستقل مهمترین گروه و شامل مراکز تحقیقاتی بزرگ کشور می باشند .